当社について
土地売買の流れ
2025.11.21

【2025年版】土地売却後の確定申告を完全ガイド!忘れると重いペナルティ?必要書類・書き方・節税特例をプロが徹底解説

こんにちは! 埼玉県さいたま市大宮区の不動産会社「株式会社アイエー 大宮支店」のコラム担当、ぶろぐ伝説GOODまんです!

土地という大きな資産を売却され、ひと安心されていることと思います。しかし、不動産を売却した後には、「確定申告」という非常に重要な手続きが待っています。

「自分も申告が必要なの?」「サラリーマンだけど関係ある?」「忘れたらどうなる?」

ご安心ください。この記事は、そんな土地売却後の確定申告に関するあらゆる疑問を解消するために作られました。不動産売買のプロであるアイエー大宮支店が、どこよりも分かりやすく、ステップバイステップで確定申告のすべてを解説します。

まずはネットで無料査定

この記事のポイント

  • 土地売却で「利益」が出たら、翌年の確定申告が必須
  • 「損失」が出ても、申告すれば税金が戻る(還付)可能性あり
  • 申告忘れは「無申告加算税」など高額ペナルティの対象
  • 税金計算のカギは「譲渡所得」= 売却額 − (取得費 + 譲渡費用)
  • 「3,000万円特別控除」など節税特例の活用が最重要
  • 「取得費不明」でも「概算取得費5%ルール」で申告可能

なぜ土地売却で確定申告が必要?しないとどうなる?

まず大前提として、土地を売って得た「利益」には「所得税」と「住民税」がかかるため、その税額を計算し、国(税務署)に自己申告する手続きが「確定申告」です。

会社員の方が毎年行う「年末調整」は、あくまで「給与所得」に対する精算です。土地売却の利益は「譲渡所得」と呼ばれ、給与所得とは別枠で計算(分離課税)し、個人で申告する必要があります。つまり、年末調整をしている会社員の方でも、土地売却で利益が出れば、別途確定申告が必須となります。

もし申告しなかったら?(ペナルティ)

「バレなければ大丈夫」ということはありません。税務署は、法務局の「所有権移転登記」の情報から、不動産売買の事実をすべて把握しています。申告を怠ると、忘れた頃に税務署から「お尋ね」が届き、ペナルティが課されます。

  • 無申告加算税(ペナルティ料)
    本来納めるべき税額に対し、追加で課される罰金です。税務署の調査後に申告した場合、税額50万円までは15%、50万円を超える部分は20%が加算されます。(※悪質な場合は40%の重加算税)
  • 延滞税(利息)
    本来の納付期限(売却翌年の3月15日)から、実際に納付した日までの日数に応じて計算される「利息」です。年利数パーセント(2024年現在は最大8.7%)と高利率です。

「知らなかった」では済まされず、ペナルティだけで数十万、数百万円になるケースもあります。確定申告は絶対に無視してはいけない義務なのです。

アイエー大宮支店の買い取り実績

アイエー大宮支店の買取実績

空き家・空き店舗から市街化調整区域まで。なんでもご相談ください!

【簡単チェック】私は確定申告が必要?不要?ケース別診断

ご自身が申告対象か、以下のケースで確認してみましょう。

Case 1: 土地を売却して「利益(譲渡所得)」が出た人

【原則、確定申告が必須です】
売却益の大小にかかわらず、申告が必要です。「利益が20万円以下なら申告不要」というルールは、土地売却(譲渡所得)には適用されません。

重要:後述する「3,000万円特別控除」などの特例を使って計算上の税金がゼロになる場合でも、その特例の適用を受けるために確定申告は必須です。

Case 2: 土地を売却して「損失(赤字)」が出た人

【確定申告の義務はありません。しかし…】
税金を納める必要はないため申告義務はありません。しかし、申告した方が「得」をする(税金が戻ってくる)可能性が非常に高いです!

なぜなら、「損益通算」という制度が使える場合があるからです。これは、土地売却で出た損失を、あなたの「給与所得」や「事業所得」など、他の所得から差し引くことができる制度です。

(例)給与所得が500万円、土地売却の損失が300万円だった場合。
確定申告をすれば、その年の所得は 500万 – 300万 = 200万円 として再計算されます。結果、給与から天引きされていた(源泉徴収された)所得税のうち、300万円の損失分に対応する税金が手元に戻ってくる(還付される)のです。

ただし、この損益通算は、マイホーム(居住用財産)を売却した場合の損失など、一定の要件を満たす必要があります。投資用物件などの損失は原則として使えません。

基礎知識:税金はいくら?「譲渡所得」と「税率」の計算方法

税金計算のすべての土台となる、最重要パート「譲渡所得(じょうとしょとく)」の計算方法をマスターしましょう。ここが確定申告最大のキモです!

【譲渡所得の基本計算式】
譲渡所得 = 収入金額 – (取得費 + 譲渡費用)

この計算式で出た「譲渡所得」の金額(プラスの場合)に対して、税率をかけて税額を計算します。3つの項目を解説します。

① 収入金額 とは?

土地を売却して買主から受け取った総額、つまり「売買契約書」に記載されている売却金額のことです。(例:5,000万円で売却 → 収入金額は5,000万円)

② 取得費 とは?(最重要・最大のつまずきポイント)

その売却した土地を「取得(購入)」した時にかかった費用の合計です。

  • 土地の購入代金
  • 購入時の仲介手数料
  • 購入時の登録免許税、不動産取得税、印紙税
  • 土地の造成費用、測量費(購入時にかかったもの)

【最重要】取得費が不明な場合(契約書を紛失、先祖代々の土地)
土地売却の確定申告で、誰もがぶつかる壁がこれです。このような場合、救済措置として「概算取得費(5%ルール)」が使えます。

取得費 = 収入金額 × 5%

(例)5,000万円で売却した土地の取得費が不明な場合、取得費は 5,000万円 × 5% = 250万円 として計算します。

警告:これは最終手段です。もし本当は3,000万円で買っていたとしても、契約書がなければ取得費は250万円とみなされます。取得費が低いと、計算上の「譲渡所得」が不当に高くなり、税金が何倍にも跳ね上がることになります。売却を決めたら、まず「購入時の売買契約書」を徹底的に探してください。

③ 譲渡費用 とは?

その土地を「売却」するために直接かかった費用です。

  • 仲介手数料(今回、アイエー大宮支店などにお支払いいただいた手数料)
  • 売買契約書の印紙税
  • 売却のための測量費
  • (建物付きで売却し、売却のために解体した場合)建物の解体費用

税金の計算方法(所有期間で税率が倍近く変わる)

譲渡所得が計算できたら、いよいよ税額計算です。ここで重要なのが、売却した土地の「所有期間」によって税率が倍近く変わることです。

判定基準は「売却した年の1月1日時点で、所有期間が5年を超えているか」です。

  • 短期譲渡所得(所有5年以下)
    税率:39.63%(所得税30.63% + 住民税9%)
  • 長期譲渡所得(所有5年超)
    税率:20.315%(所得税15.315% + 住民税5%)

たった1~2年所有期間が違うだけで、納税額が数百万円変わることも珍しくありません。

まずはネットで無料査定

【節税】知らなきゃ損!土地売却で使える特別控除・特例を徹底解説

税金計算で青ざめた方もご安心ください。条件を満たせば、税金を大幅に安くできる「特別控除」や「特例」が多数あります。これらを使うか使わないかで、納税額がゼロになることさえあります。

1. 【最重要】マイホーム(居住用財産)を売った時の3,000万円特別控除

  • 概要: ご自身が住んでいた家(マイホーム)とその敷地(土地)を売却した場合、計算した譲渡所得から最大3,000万円を控除(差し引く)できる、最強の特例です。
  • インパクト: 譲渡所得が3,000万円以下であれば、この特例を使うことで納税額はゼロになります。(※譲渡所得が1,800万円なら、1,800万円が控除の上限)
  • 主な適用要件:
    ・自分が「居住用」として住んでいた家屋であること(別荘、投資用は対象外)。
    ・住まなくなってから、3年が経過する年の12月31日までに売却すること。
    ・売却した相手が、親子や夫婦などではないこと。
    ・前年、前々年にこの特例を使っていないこと。
  • 注意点: この特例の適用を受けるためにも、確定申告は必須です。

2. 相続した空き家を売った時の3,000万円特別控除

  • 概要: こちらはマイホームではなく、相続で受け継いだ実家(被相続人が一人で住んでいた等)を売却した場合に、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例です。(通称:相続空き家特例)
  • 主な適用要件(非常に複雑):
    ・昭和56年(1981年)5月31日以前に建築された家屋(旧耐震基準)であること。
    ・相続開始から3年が経過する年の12月31日までに売却すること。
    ・売却代金が1億円以下であること。
    重要: 売却時に、家屋を解体して更地(土地のみ)で売るか、または新耐震基準に適合するようリフォームして売る必要があります。
  • GOODまんの視点: この特例は要件が非常に厳しく、特に「更地渡し」や「耐震リフォーム」の条件がネックになります。アイエー大宮支店では、この特例の適用を見据えた売却プラン(解体業者の手配など)もご提案可能です。

3. その他の特例(概要のみ)

  • 10年超所有した場合の軽減税率の特例:
    マイホームを10年超所有して売却した場合、3,000万円控除を使ってもなお利益が残る部分(6,000万円まで)の税率が、長期の20.315%からさらに優遇(14.21%)されます。3,000万円控除と併用可能です。
  • 特定の居住用財産の買換え特例:
    マイホームを買い替えた場合、売却益にかかる税金を、次にその新しい家を売る時まで「繰り延べる(先送りする)」制度です。ただし、3,000万円特別控除とは選択制(どちらか一方しか使えない)ため、どちらが有利か慎重な判断が必要です。

アイエー大宮支店の買い取り実績

アイエー大宮支店の買取実績

空き家・空き店舗から市街化調整区域まで。なんでもご相談ください!

いつまでに何を?確定申告の時期と全体の流れ

申告時期:売却した「翌年」の2月16日~3月15日

これは絶対のルールです。(例:2024年中に売却 → 2025年 2月16日~3月15日に申告)
(※2025年の場合、土日祝の関係で2月17日(月)~3月17日(月)が期限となります)

全体の流れ(推奨スケジュール)

  • 売却した年(当年中)
    最優先で「購入時」の売買契約書・領収書を捜索・確保。「売却時」の契約書・領収書もまとめて保管。
  • 売却した翌年 1月
    勤務先から「源泉徴収票」をもらう。税務署や国税庁HPで申告書用紙を入手。e-Tax(電子申告)の準備(マイナンバーカードなど)。
  • 翌年 2月上旬
    必要書類の最終確認。申告書作成を開始(国税庁の「確定申告書等作成コーナー」が便利)。
  • 翌年 2月16日~3月15日(期限厳守)
    作成した申告書を提出(e-Tax、郵送、窓口持参)。税金が発生した場合は納税。
  • 翌年 4月~5月頃
    還付(税金が戻る場合)、指定口座に振り込まれます。
  • 翌年 5月~6月頃
    住民税の通知書が届きます(申告内容が反映されています)。

【完全リスト】土地売却の確定申告に必要な書類と入手方法

申告時に慌てないよう、必要な書類をチェックリストにまとめました。

カテゴリ 必要書類(★は最重要) 入手方法
申告書 確定申告書B(第一表、第二表) 税務署、国税庁HP(e-Taxなら自動作成)
申告書 ★申告書第三表(分離課税用) 税務署、国税庁HP(e-Taxなら自動作成)
申告書 ★譲渡所得の内訳書(計算明細書) 税務署、国税庁HP(e-Taxなら自動作成)
本人確認 マイナンバーカード(または通知カード+運転免許証など)
給与関連 源泉徴収票(給与所得者の場合) 勤務先(1月頃)
売却関連 ★土地・建物の売買契約書(売却時) ご自身で保管
売却関連 ★譲渡費用の領収書(仲介手数料、印紙代など) ご自身で保管
取得関連 ★土地・建物の売買契約書(購入時) ご自身で保管(最重要・要捜索!)
取得関連 ★取得費用の領収書(購入時の仲介手数料など) ご自身で保管(最重要・要捜索!)
特例利用時 登記事項証明書(登記簿謄本) 法務局
特例利用時 (3000万円控除)住民票の除票 など 市区町村役場
特例利用時 (相続空き家)耐震基準適合証明書 など 建築士など

この中で、納税額に致命的な影響を与えるのが、「購入時」の売買契約書と領収書です。これが無いと、前述の「概算取得費5%ルール」が適用され、高額な税金を支払う羽目になります。

まずはネットで無料査定

【書き方】「譲渡所得の内訳書」作成ステップ

必要書類が揃ったら申告書の作成です。現在は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使ってe-Tax(電子申告)で作成するのが、計算ミスもなく最も簡単です。

ここでは、手書きの場合でも「どの書類に、どんな情報を書くのか」の核心部分だけを解説します。

ステップ1: 最も重要!「譲渡所得の内訳書(計算明細書)」の作成

これがすべての計算の「根拠」となる書類です。税務署はまずここを見ます。

  • 「1 譲渡した資産の明細」:売却した土地の所在地、面積、売買契約日、買主の住所・氏名などを「売買契約書」通りに記入します。
  • 「3 譲渡所得金額の計算」
    (A) 収入金額:売却額を記入。
    (B) 取得費:購入時の契約書・領収書から合計額を計算して記入。(※不明の場合は、(A)×5% の額を記入し「概算取得費」と明記)
    (C) 譲渡費用:仲介手数料などの領収書から合計額を記入。
    (D) 差引金額(譲渡所得): A – (B + C) を計算して記入。
  • 「5 特別控除等の計算」:ここで特例を使います。(例)マイホームの3,000万円控除を使う場合、(D)の金額(ただし3,000万円が上限)を記入します。
  • 「課税譲渡所得金額」:(D) から (5の特別控除額) を引いた金額を記入。これが税率をかける対象の金額です。

ステップ2: 「確定申告書 第三表(分離課税用)」への転記

ステップ1(内訳書)で計算した結果を、申告書本体(第三表)に転記します。

  • 「収入金額」欄:内訳書の (A)の金額を転記。
  • 「所得金額」欄:内訳書の最後で計算した「課税譲渡所得金額」を転記。
  • 「税金の計算」欄:「課税譲渡所得金額」に、対応する税率(短期30.63% or 長期15.315%など)をかけて、所得税額を算出します。

ステップ3: 「確定申告書 第一表・第二表」への転記

最後に、第三表で計算した内容を、メインの申告書(第一表・第二表)に合算します。

  • 第三表で計算した「所得金額」や「税額」を、第一表の対応する欄に転記します。
  • 会社員の方は、源泉徴収票を見ながら「給与所得」の欄も記入します。
  • すべての所得を合算し、最終的な納税額(または還付額)が計算されます。

このように手書きは非常に複雑です。GOODまんとしては、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」の利用を強く推奨します!

アイエー大宮支店の買い取り実績

アイエー大宮支店の買取実績

空き家・空き店舗から市街化調整区域まで。なんでもご相談ください!

よくある失敗と対策

不動産売買のプロとして、よく耳にする確定申告の失敗例と対策をお伝えします。

  • 失敗例1: 「取得費不明」で5%ルールを使い、高額納税
    対策: 5%ルールは最終手段です。契約書以外でも、当時のローン返済予定表、預金通帳の出金履歴、不動産広告など、あらゆる手段で「取得費の根拠」を探します。どうしても不明で高額になりそうな場合は、税理士に相談してください。
  • 失敗例2: 「譲渡費用」の計上漏れで、利益を過大申告
    対策: 仲介手数料だけでなく、売却のための「測量費」や「解体費」、契約書の「印紙代」も立派な譲渡費用です。領収書は1枚残らず保管し、計上漏れを防ぎましょう。
  • 失敗例3: 特例の要件を満たしていないのに適用し、後で否認
    対策: 特に「3,000万円控除」の“居住用”の定義や、「相続空き家特例」の要件は非常に厳格です。自己判断せず、国税庁の最新の手引きを確認するか、税理士に確認しましょう。

確定申告の提出方法3つと納税・還付の方法

提出方法

  • 1. e-Tax(電子申告)
    メリット: 24時間自宅から提出可能。添付書類の一部が省略可。還付(税金が戻る)の場合、処理が最も早い(約3週間程度)。(GOODまん推奨!)
  • 2. 税務署の窓口に持参
    メリット: その場で簡単な不備をチェックしてもらえる。
    デメリット: 申告期間中は数時間待ちの大混雑になることも。
  • 3. 郵送(信書便)
    メリット: 並ばなくてよい。
    デメリット: 控えが必要な場合、「切手を貼った返信用封筒」と「控え」の同封が必須。

納税・還付の方法

  • 納税(税金が発生した場合)
    期限は申告期限と同じ3月15日(2025年は3月17日)まで。「振替納税(口座引落)」「クレジットカード納付」「コンビニ納付(QRコード)」「e-Tax(ダイレクト納付)」「窓口納付」などの方法があります。
  • 還付(税金が戻る場合)
    申告書に記載したご自身の銀行口座に、後日(e-Taxなら約3週間後、郵送なら約1ヶ月~1ヶ月半後)振り込まれます。

まずはネットで無料査定

FAQ(よくある質問4選)

Q1. 土地売却の確定申告は税理士に依頼すべき?費用は?

A1. 結論から言うと、計算が複雑な場合や、特例の適用で迷う場合は、税理士への依頼を強く推奨します。特に、「取得費が不明(5%ルール以外を検討したい)」「3,000万円控除と買い替え特例のどちらが有利か知りたい」「相続空き家特例を使いたい」といったケースはご自身での申告はリスクが高いです。
費用相場は10万円~30万円程度が目安ですが、申告ミスで数十万円の追徴課税を食らうリスクを考えれば、必要な投資と言えます。株式会社アイエー大宮支店では、不動産税務に強い税理士のご紹介も可能です。

Q2. サラリーマンで年末調整済みですが、それでも申告は必要ですか?

A2. はい、必要です(利益が出た場合)。年末調整は「給与所得」の精算であり、「譲渡所得」は対象外です。ご自身で別途、確定申告を行う必要があります。逆に、マイホーム売却で損失が出た場合は、確定申告をすることで給与から天引きされた税金が戻ってくる(還付)可能性が高いので、ぜひ申告してください。

Q3. 共有名義の土地を売却しました。確定申告はどうなりますか?

A3. 共有名義の不動産を売却した場合、共有者それぞれが、ご自身の「持分(もちぶん)」に応じた確定申告を行う必要があります。「代表して夫だけが申告する」といったことはできません。3,000万円特別控除などの特例も、要件を満たせば、各々が最大3,000万円まで利用できます。

Q4. 売却した翌年の秋頃、税務署から「お尋ね」が届きました。

A4. 「譲渡所得の申告についてのお尋ね」という書類ですね。これは税務署が売却の事実を把握し、「申告は済んでいますか?」と確認するために送付されます。もし利益が出ているのに申告をしていなかった場合は、これが「税務調査」の第一報です。すぐに期限後申告をしてください。損失が出たため申告しなかった場合は、その旨を記載して返送すれば問題ありません。絶対に無視してはいけません。

まとめ:不安な確定申告はプロに相談を。アイエー大宮支店がサポートします

最後までお読みいただき、ありがとうございました。土地売却後の確定申告がいかに重要で、複雑であるか、お分かりいただけたかと思います。

最後にもう一度、重要なポイントをおさらいします。

  • 利益(譲渡所得)が出たら、翌年の確定申告は必須。
  • 損失が出た場合も、申告すれば税金が戻る(還付)可能性が高い。
  • カギは「譲渡所得」=「収入金額 − (取得費 + 譲渡費用)」。
  • 「取得費」の資料(購入時の契約書)が何よりも最重要。
  • 「3,000万円特別控除」などの節税特例を、要件を確認して漏れなく使うこと。
  • 申告を忘れると、「無申告加算税」などの重いペナルティが待っている。

この記事を読んで、「自分の場合はどうなるんだろう…」「特例が使えるか不安…」と、かえって不安が大きくなった方もいらっしゃるかもしれません。それこそが、プロに相談すべきサインです。

私たち株式会社アイエー 大宮支店は、さいたま市大宮区を中心に、埼玉県内の不動産売買を専門とするプロフェッショナル集団です。

アイエー大宮支店では、不動産税務、特に譲渡所得の申告に精通した提携税理士と連携し、お客様の状況に合わせた最適な申告方法のアドバイスや、申告業務そのもののご紹介も可能です。

「売却は終わったけど、確定申告だけ相談したい」そんなご要望も大歓迎です。土地売却という人生の大きな節目を、最後の最後まで「安心」で締めくくれるよう、私たちアイエー大宮支店が全力でサポートいたします。大宮駅西口からすぐの店舗で、皆様からのお問い合わせを心よりお待ちしております。

まずはネットで無料査定

LINEで土地の無料相談もできます

無料土地査定のフォームに入力するのも面倒なあなたにおすすめ!LINEを使った土地のお悩み相談もあります。営業時間にオペレーターが直接返信いたします。

電話予約で待つことなくスムーズに土地査定

正確な価格が知りたい方や、直接担当者と話がしたい方も、もちろん電話相談受付中です。書類の取り寄せ、実際に現地に足を運び、正確に土地査定いたします。

近年早く土地を売りたいお客様が増えております。なるべく早く対応させていただきますが、一つ一つを丁寧正確にと対応していくとお待たせしてしまうことがありましたので、予約することをおすすめします。

記事一覧へ戻る